Osnovna dejavnost bolnišnične lekarne je oskrba oddelkov z zdravili, obvezilnim in ostalim zdravstvenim materialom ter magistralnimi zdravili. Kljub racionalizaciji na področju zdravil imajo bolniki dostop do kakovostnih in varnih zdravil.

Ob vodenju lekarne, izdaji zdravil, racionalizaciji nabave in porabe zdravil in ostalega zdravstvenega materiala pa ostaja glavno poslanstvo farmacevta svetovanje in izobraževanje bolnikov med zdravljenjem v bolnišnici in tik pred odpustom. Redno in pravilno jemanje zdravil po odpustu iz bolnišnice v veliki meri prispeva k boljši kvaliteti življenja bolnikov in zmanjša verjetnost ponovnega sprejema v bolnišnico.